Яруга была основана несколькими десятками еврейских (сефардских) семей, переехавшими из Испании.

Первые сведения о Яруге относятся к XVII в. В 1617 г. здесь под давлением превосходящих сил турецкой армии Польша подписала чрезвычайно обременительный для себя мирный договор с Турцией. Яруга упоминается также в документах, относящихся к периоду хмельнитчины. Мартиролог «Тит Гаявен» («Непролазная грязь») упоминает небольшую еврейскую общину (40 домовладельцев) в поселении Юрги, возможно, имея в виду Яругу.

В начале XVII столетия местечко было обширным и многолюдным, и не раз было разоряемо во время казацких походов. В 1617 году неподалеку от поселения, в Буше, произошло боестолкновение коронной армии гетмана Станислава Жолкевского и турецко-татарских войск Искандера-паши. Боевые действия завершились тем, что С. Жолкевский подписал в Буше мирный договор с османами, благодаря которому удалось на несколько лет отодвинуть польско-турецко-татарскую войну (хотя ради этого полякам, по условиям договора, пришлось уничтожить некоторые крепости, например, Бершадь).

До 1648 года Яруга была в составе Брацлавского воеводства Малопольской провинции Польского королевства.

Повреждённые виноградники и повторявшиеся в течение нескольких лет неурожаи стали причиной больших долгов виноградарей по выкупным платежам, доходивших до 100 — 200 рублей.

В 1896 г. владельцы виноградников, евреи и дворяне, обратились к губернской администрации с просьбой об отсрочке выкупных платежей на пять лет. Ввиду того что губернское начальство им отказало, дело перешло на рассмотрение в Сенат, а над должниками нависла реальная опасность продажи с молотка домашнего имущества и самих виноградников.

Положение общины ещё более осложнилось тем, что в это и без того плотно населённое местечко в 1893 г. переселилось около трёх десятков евреев с противоположного берега Днестра, изгнанных из бессарабского села Яровая (в настоящее время — Ярова) тамошним помещиком.

Эпидемия тифа, распространившаяся в Подолии в 1896 г., приняла в Яруге опасные масштабы из-за бедности её населения. «Благоприятным исходом заболеваний бедняки много обязаны местному врачу А. С. Вайнштейну, который с редким самопожертвованием предался лечению бедных больных, посещая их безвозмездно, просиживая у них по целым дням и ночам, оказывая беднейшим из них поддержку даже деньгами».

Положение евреев-виноградарей улучшилось на рубеже веков благодаря финансовой помощи баронессы Гирш и выполнения рекомендаций агрономов Еврейского колонизационного общества.

Уже в 1860-х гг. община Яруги содержала два синагогальных здания.

В 1863 г. губернское начальство взялось за проведение в жизнь закона, регламентирующего количество синагог и «еврейских молитвенных школ». На каждые 30 еврейских домов полагалось не более одной молитвенной школы, а на каждые 80 — одной синагоги. В соответствии с этими установлениями одну синагогу местечка требовалось закрыть. По-видимому, евреям удалось отстоять право на вторую синагогу, так как согласно данным 1889 г. община, насчитывавшая 559 человек, по-прежнему содержала две синагоги, а в начале XX в. — уже три синагогальных здания.

На начало XX столетия в местечке проживало 1 905 жителей, имелись пристань на Днестре, православная церковь, синагога, народное училище, было много лавок, 26 базаров. Осуществлялась оживленная торговля хлебом, лесными материалами и горохом (до 100 000 пудов в год). На 1904 год местечко входило в состав Ямпольского уезда, Подольской губернии России, и размещалось на левом берегу реки Днестр, в 22 верстах от уездного города.

С установлением советской власти в 1920-х гг. в Яруге был образован еврейский местечковый совет, а затем — еврейский колхоз (председатель Hoax Мучник). Колхоз специализировался на традиционном здесь виноградарстве.

В июле 1941 г., через неделю после вступления нацистов в Яругу, всех евреев в течение одного дня переселили на окраинную улочку Маарлэх. В каждом доме оказалось по нескольку семей. Было создано гетто, выходить за ограду которого запрещалось. Евреям предписывалось носить на груди и на спине жёлтый круг величиной около десяти сантиметров.

Старостой гетто был назначен председатель колхоза Hoax Мучник. Евреи по-прежнему работали в колхозе, обрабатывали виноградники, а также чинили упряжь, подшивали валенки, обрабатывали кожу. Полиция конфисковала у евреев все ценности, а затем и все изделия из цветных металлов.

28 июля 1941 г. команда СС задержала в Яруге направлявшуюся в район Ямполя партию евреев, депортированных из Бессарабии и северной Буковины. Всех их, около тысячи человек, нацисты расстреляли неподалеку от местечка, в оврагах. Детей бросали в овраг живыми, после чего овраги засыпали землей.

В октябре и ноябре 1941 г., после образования румынской зоны оккупации Транснистрии, в Яруге поселили около пятисот депортированных буковинских евреев, после чего еврейское население выросло почти в два раза. Был создан совет гетто во главе с шойхетом Видером из Румынии.

Украинскую милицию здесь возглавил Ф. Крижевский, тайно поддерживавший партизан. Благодаря его человечности в гетто были относительно неплохие условия существования, например, евреи могли без особых затруднений покидать гетто.

Одной из проблем, с которой столкнулся совет гетто, были ночные нападения крестьян из бессарабской деревни Ярова: они по льду переходили Днестр и грабили евреев. После неудачных попыток организовать самооборону с крестьянами было достигнуто соглашение, по которому они вместо грабежа стали участвовать в контрабанде товаров из Бессарабии в Транснистрию.

Перепродажа контрабандных товаров заметно улучшила материальное состояние обитателей гетто. Весной 1942 г. в Яруге была открыта больница на 16 коек и бесплатная столовая.

Многих молодых людей посылали на принудительные работы в лагерях Транснистрии, в том числе в деревне Нестерварке рядом с Тульчиным.

Согласно официальным данным в январе 1943 г. в Яруге проживало 369 местных и 416 румынских евреев. В сентябре того же года согласно статистике жандармерии среди депортированных было 6 бессарабских и 472 буковинских еврея. Из местных евреев в Яруге в годы оккупации погибло 56 человек.

Местечко было освобождено 20 марта 1944 г.

Яруга — единственное в мире село — Праведник мира. Во время второй мировой войны жители села спасли еврейские семьи, которые издавна жили вместе с украинцами. Вблизи села в 1941 году было расстреляно около тысячи буковинских и бессарабских евреев. В самой Яруге смогли спасти всех местных жителей и несколько семей евреев, депортированных из Бессарабии и Румынии.